Package: python-freecontact (1.1-4)

[ Source: python-freecontact  ]

Hurtig protein-kontaktprædiktor - binding for Python

FreeContact er en protein-kontaktrestprædiktor optimeret til hastighed. Dens indgang er en flersekvensopstilling. FreeContact kan fungere som en accelereret erstatning for de offentliggjorte kontaktprædiktorer EVfold-mfDCA af DS. Marks (2011) og PSICOV af D. Jones (2011).

FreeContact accelereres af en kombination af vektorinstruktioner, flere tråde og hurtigere gennemførelse af centrale dele. Afhængig af opstillingen er 8-fold eller højere hastighedsforøgelser mulige.

En tilstrækkelig stor tilpasning er påkrævet for meningsfulde resultater. Som minimum bør en opstilling med et effektivt (efter-vægtning) sekvensantal større end længden af søgesekvensen anvendes. Opstillinger med titusinder af (effektive) sekvenser betragtes som gode inddata.

Jackhmmer(1) fra hmmer-pakken eller hhblits(1) fra hhsuite kan anvendes til at oprette opstillingerne, f.eks.

Denne pakke indeholder Pythonbindingerne.

Other Packages Related to python-freecontact

• dep: libboost-python1.67.0

  biblioteket Boost.Python Library

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.4) [not arm64]

• dep: libfreecontact0v5

  Hurtig protein-kontaktprædiktor - bibliotek

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [not armhf]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python

  Interaktivt objektorienteret sprog på højt niveau - Python 2-version

  dep: python (<< 2.8)

  dep: python (>= 2.7~)

Download python-freecontact

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	79.7 kB	173.0 kB	[list of files]
arm64	77.9 kB	177.0 kB	[list of files]
armhf	75.6 kB	140.0 kB	[list of files]
i386	81.5 kB	172.0 kB	[list of files]