Package: profbval (1.0.22-6)

[ Source: profbval  ]

Forudsigelse for fleksible/stive proteinrester fra sekvens

PROFbval kan være nyttig til både proteinstruktur og funktionsforudsigelser. For eksempel kan en biolog lokalisere potentielle antigeniske determinanter ved at identificere de mest fleksible rester på proteinoverflade. Derudover kan en krystallograf finde rester, der potentielt har høje eksperimentelle B-værdier.

PROFbval tager følgende inddata, yderligere beskrevet på profbval(1):

 * En proteinsekvens i en FASTA-fil
 * sekundær struktur og opløsningsmiddel tilgængelighed forudsigelse
   af prof(1)
 * en HSSP-fil

Baggrund: Mobiliteten af en given rest på proteinoverfladen er relateret til dens funktionelle rolle. Derfor er identifikation af ekstremt stive eller fleksible restprodukter på proteinoverfladen nyttige til at identificere funktionelt vigtige rester i proteiner. En udbredt måling af atommobilitet i proteiner er B-værdi data fra røntgenkrystallografi strukturer. PROFbval er det første værktøj til at forudsige normaliserede backbone B-værdier fra aminosyresekvens.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, Role: Debugging symbols

Other Packages Related to profbval

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: profnet-bval

  Neural netværksarkitektur for profbval

• rec: blast2

  Tom overgangspakke for ncbi-blast+-legacy

• rec: librg-utils-perl

  Fortolkere og redskaber til formatkonvertering brugt af (f.eks.) profphd

• rec: profphd

  secondary structure and solvent accessibility predictor

• sug: pp-popularity-contest

  PredictProtein popularity contest

Download profbval

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	59.3 kB	259.0 kB	[list of files]