Package: ssake (4.0-2)

[ Source: ssake  ]

Genomprogram for samling af millioner af meget korte DNA-sekvenser

Short Sequence Assembly af K-mer search and 3′ read Extension (SSAKE) er et genomprogram for aggressiv samling af millioner af korte nukleotidsekvenser ved gradvis at søge efter perfekte 3'-meste k-merer ved hjælp af et DNA-præfikstræ. SSAKE er designet til at hjælpe med at udnytte oplysningerne fra korte sekvenser læst ved stringent klyngeopbygning i contig'er, der kan bruges til at karakterisere nye sekventeringsmål.

Tags: Field: Biology, Implemented in: Perl, implemented-in::python, interface::commandline, User Interface: Command Shell, Role: role::program, scope::utility, Purpose: Analysing

Other Packages Related to ssake

• dep: libperl4-corelibs-perl

  Biblioteker historisk leveret med Perl 4

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: python

  Interaktivt objektorienteret sprog på højt niveau - Python 2-version

• sug: ssake-examples

  Eksempler for SSAKE, en genomsamler for korte læsninger

Download ssake

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	48.4 kB	213.0 kB	[list of files]