Package: roary (3.12.0+dfsg-2)

[ Source: roary  ]

Højhastigheds og uafhængig pan-genomdatakanal

Roary er en højhastigheds og uafhængig pan-genomdatakanal, der bruger kommenterede samlinger i GFF3-format (som fremstillet, for eksempel af Prokka) og som beregner pan-genomet. Ved hjælp af en stationær pc, kan programmet analysere datasæt med tusindvis af prøver, hvilket er beregningsmæssigt umuligt med eksisterende metoder, uden at forringe kvaliteten af resultaterne. 128 prøver kan analyseres på under 1 time ved anvendelse af 1 GB RAM og en enkelt processor. For at udføre denne analyse med brug af eksisterende metoder tager det uger og hundredvis af GB RAM. Rorri er ikke beregnet til meta-genomforskning eller til at sammenligne ekstremt forskelligartede sæt af genomer.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::perl, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, use::comparing

Other Packages Related to roary

• dep: bedtools

  Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner

• dep: bioperl

  Perlværktøjer til modellering af molekylær biologi

• dep: cd-hit

  Programpakke designet til hurtigt at gruppere sekvenser

• dep: fasttree

  Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser

• dep: libarray-utils-perl

  Samling af små redskaber for tabelmanipulering

• dep: libdigest-md5-file-perl

  Perl extension for getting MD5 sums for files and urls

• dep: libenv-path-perl

  Perl module implementing advanced operations on path variables

• dep: libexception-class-perl

  Modul som giver dig mulighed for at deklarere reelle undtagelsesklasser i Perl

• dep: libfile-find-rule-perl

  Modul til at søge efter filer baseret på regler

• dep: libfile-grep-perl

  Modul til mønstermatchning i en serie af filer

• dep: libfile-slurper-perl

  Simpelt, fornuftigt og effektivt modul til at slurpe en fil

• dep: libfile-which-perl

  Perlmodul for søgning i stier efter kørbare programmer

• dep: libfindbin-libs-perl

  Perlmodul til at bruge en relativ sti for lib-mapper

• dep: libgraph-perl

  Perl module for graph data structures and algorithms

• dep: libgraph-readwrite-perl

  module for reading and writing directed graphs

• dep: liblog-log4perl-perl

  Perlport af den meget populære logningspakke log4j

• dep: libmoose-perl

  Moderne objektsystemramme for Perl

• dep: libperlio-utf8-strict-perl

  Hurtigt og korrekt UTF-8 Perl IO-modul

• dep: libtest-file-perl

  Perlmodul til at teste filattributter

• dep: libtest-files-perl

  Modul til nemmere test med filer og mapper

• dep: libtest-most-perl

  Perl module with the most commonly needed test functions and features

• dep: libtest-output-perl

  perl module to test stdout and stderr messages

• dep: libtext-csv-perl

  comma-separated values manipulator (using XS or PurePerl)

• dep: mafft

  Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser

• dep: mcl

  Markov Cluster-algoritmen

• dep: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• dep: parallel

  Byg og afvikl kommandolinjer fra standardind parallelt

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: prank

  Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

• dep: r-base-core

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-cran-ggplot2

  Implementering af Grammar of Graphics

Download roary

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	171.7 kB	659.0 kB	[list of files]