Strippe adaptere og/eller sammenføjede parrede læsninger af DNA-sekvenser med overlap
SeqPrep er et program til at sammenlægge parrede Illuminalæsninger, der
overlapper hinanden ind i en enkelt længere læsning. Det kan også bruges
til sin adaptertilpasningsfunktion uden at udføre nogen parrede
slut-overlapninger. Når en adaptersekvens er nuværende, det betyder, at de
to læsninger skal overlappe (i de fleste tilfælde) så de er kraftigt
fusioneret. Når læsninger ikke har adaptersekvens, skal de behandles
omhyggeligt, når man laver sammenføjningen, så en langt mere specifik
fremgangsmåde er valgt. Standardparametrene blev valgt med tanke på
specificitet, så at de kunne køres på biblioteker, hvor meget få læsninger
forventes at overlappe hinanden. Det er dog altid sikreste at gemme den
overlappende procedure for biblioteker, hvor du har forudgående kendskab
til, at en væsentlig del af læsningerne vil have overlapning.
