Package: libfreecontact-perl (0.08-7 and others)

[ Source: libfreecontact-perl  ]

Hurtig protein-kontaktprædiktor - binding for Perl

FreeContact er en protein-kontaktrestprædiktor optimeret til hastighed. Dens indgang er en flersekvensopstilling. FreeContact kan fungere som en accelereret erstatning for de offentliggjorte kontaktprædiktorer EVfold-mfDCA af DS. Marks (2011) og PSICOV af D. Jones (2011).

FreeContact accelereres af en kombination af vektorinstruktioner, flere tråde og hurtigere gennemførelse af centrale dele. Afhængig af opstillingen er 8-fold eller højere hastighedsforøgelser mulige.

En tilstrækkelig stor tilpasning er påkrævet for meningsfulde resultater. Som minimum bør en opstilling med et effektivt (efter-vægtning) sekvensantal større end længden af søgesekvensen anvendes. Opstillinger med titusinder af (effektive) sekvenser betragtes som gode inddata.

Jackhmmer(1) fra hmmer-pakken eller hhblits(1) fra hhsuite kan anvendes til at oprette opstillingerne, f.eks.

Denne pakke indeholder Perlbindingen.

Tags: Software Development: Perl Development, Libraries, Implemented in: implemented-in::c, implemented-in::perl, Role: Development Library

Other Packages Related to libfreecontact-perl

• dep: libc6 (>= 2.4)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libfreecontact0v5

  Hurtig protein-kontaktprædiktor - bibliotek

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: perl (>= 5.28.0-3)

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: perlapi-5.28.0

  virtual package provided by perl-base

Download libfreecontact-perl

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
i386	0.08-7+b1	73.5 kB	143.0 kB	[list of files]