Package: fitgcp (0.0.20150429-2)

[ Source: fitgcp  ]

Tilpasning af arvemasse-dækningsdistributioner med blandingsmodeller

Arvemassedækning, antallet af sekventeringslæsninger oversat til en position i et genom, er en indsigtsfuld indikator for uregelmæssigheder i sekventeringsforsøg. Mens den gennemsnitlige genomdækning ofte anvendes inden for algoritmer i beregningsmæssig genomik, er de fuldstændige oplysninger til rådighed i dækningsprofiler (d.v.s. histogrammer over alle dækningsområder) i øjeblikket ikke udnyttet fuldt ud. Bias såsom fragmenteret eller fejlagtigt henviste genomer bliver derfor ikke indregnet. At gøre denne oplysning tilgængelig kan forbedre kvaliteten af sekventeringseksperimenter og kvantitative analyser.

fitGCP er en ramme for montering af blandinger af sandsynlighedsfordelinger for genom-dækningsprofiler. Udover almindeligt anvendte distributioner, bruger fitGCP distributioner skræddersyet til at redegøre for de fælles artefakter. Blandingsmodeller er iterativt tilpasset baseret på Expectation-Maximization-algoritmen.

Other Packages Related to fitgcp

• dep: python

  Interaktivt objektorienteret sprog på højt niveau - Python 2-version

• dep: python-numpy

  Numerisk Python tilføjer en hurtig vektor-/array-facilitet til Pythonsproget

• dep: python-pysam

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvensopstilling og oversættelsesformat - Python 2

• dep: python-scipy

  Videnskabelige værktøjer for Python

Download fitgcp

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	12.2 kB	50.0 kB	[list of files]
arm64	12.2 kB	50.0 kB	[list of files]