Package: dotter (4.44.1+dfsg-3)

[ Source: seqtools  ]

Detaljeret sammenligning af to genomsekvenser

Dotter er et grafisk punkt-matrix program til detaljeret sammenligning af to sekvenser.

 * Alle rester i en sekvens sammenlignes med alle rester i den anden
   sekvens og en matrix med bedømmelser beregnes
 * En sekvens plottes på x-aksen og den anden på y-aksen
 * Støj filtreres ud så at sammenligninger fremstår som diagonale linjer
 * Parvis bedømmelse udlignes over et glidende vindue for at gøre
   bedømmelsesmatrixen mere forståelig
 * Den gennemsnitlige bedømmelsesmatrix former et tredimensionelt
   landskab, med de to sekvenser i to dimensioner og højden på
   spidserne i den tredje. Dette landskab projekteres til to
   dimensioner via et billede i grå skala - jo mørkere grå på en
   spids, jo højere er bedømmelsen
 * Kontrasten og tærsklen for det gråskalerede billede kan justeres
   interaktivt, uden at skulle regne bedømmelsesmatrixen om
 * Et sammenligningsværktøj tilbydes til at undersøge
   sekvenssammenligninger som grå-skala-billedet repræsenterer
 * Kendte højt-scorende par kan indlæses fra en GFF-fil og lægges over
   plottet.
 * Gene models can be loaded from GFF and displayed alongside the
   relevant axis.
 * Sammenlign en sekvens mod sig selv for at finde interne gentagelser
 * Find overlap mellem flere sekvenser ved at udføre et punkt-plot for
   alle sekvenser mod dem selv
 * Kør Dotter i jobtilstand for at oprette store, tidsforbrugende
   punkt-plot som en baggrundsproces

Tags: Interface Toolkit: GTK

Other Packages Related to dotter

• dep: libatk1.0-0 (>= 1.12.4)

  Værktøjssættet til ATK-tilgængelighed

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [armhf, i386]

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  Cairo 2D - vektorgrafikbibliotek

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2)

  nemt at bruge adresseoverførelsesbibliotek for klientsiden (OpenSSL-variant)

• dep: libfontconfig1 (>= 2.12.6)

  bibliotek til konfiguration af generiske skrifttyper - kørselstid

• dep: libfreetype6 (>= 2.2.1)

  FreeType 2-skriftmotor - delte biblioteksfiler

• dep: libgbtools0

  Bibliotek til at visualisere sekvenssammenligninger

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [not armhf]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

• dep: libgdk-pixbuf2.0-0 (>= 2.22.0)

  GDK Pixbuf-bibliotek

• dep: libglib2.0-0 (>= 2.22.0)

  GLib-bibliotek for C-rutiner

• dep: libgtk2.0-0 (>= 2.12.0)

  Grafisk brugergrænsefladebibliotek til GTK+

• dep: libjsoncpp1 (>= 1.7.4)

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: libpango-1.0-0 (>= 1.14.0)

  Layout og optegning af internationaliseret tekst

• dep: libpangocairo-1.0-0 (>= 1.14.0)

  Layout og optegning af internationaliseret tekst

• dep: libpangoft2-1.0-0 (>= 1.14.0)

  Layout og optegning af internationaliseret tekst

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

Download dotter

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	206.1 kB	409.0 kB	[list of files]
arm64	196.7 kB	397.0 kB	[list of files]
armhf	188.2 kB	299.0 kB	[list of files]
i386	215.1 kB	439.0 kB	[list of files]