Package: maffilter-examples (1.3.1+dfsg-1)

[ Source: maffilter  ]

Behandl genomsammenligning i Multiple Alignment Format - dataeksempler

MafFilter anvender en serie af »filtre« på en MAF-fil, for at rense den, udtrække data og computerstatistik mens der holdes styr på de associerede metadata såsom genomkoordinater og kvalitetsbedømmelser.

 * Kan behandle sammenligningen for at fjerne maskerede regioner i lav
   kvalitet og/eller tvetydige.
 * Kan eksportere data i en enkel eller flere sammenligningsfiler i et
   format såsom Fasta eller clustal.
 * Kan læse annotationsdata i GFF- eller GTF-format, og udtrække den
   tilsvarende sammenligning
 * Kan udføre glidende vinduesberegninger
 * Kan rekonstruere fylogeni/slægtsforskning sammen med
   genomsammenligningen.
 * Kan beregne statistik for populationsgenetik, såsom
   stedfrekvensspektrum, antallet af faste/pymorfiske steder etc.

Denne pakke tilbyder dataeksempler for maffilter.

Other Packages Related to maffilter-examples

• enh: maffilter

  Behandl genomsammenligning i Multiple Alignment Format

Download maffilter-examples

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	77,353.4 kB	78,841.0 kB	[list of files]