Package: dindel (1.01-wu1-3+dfsg-1 and others)

[ Source: dindel  ]

Bestemmer indel-kald fra kort-læst data

Dindel er et program til at kalde små »indels« fra kort-læst sekvensdata (»næstegenerations sekvensdata«). Er i øjeblikket designet til kun at håndtere Illumina-data.

Dindel kræver en BAM-fil indeholdende læs-sammenligninger som inddata. Programmet udtrækker så kandidat-indels fra BAM-filen, og laver ny sammenligning af læsningerne for at kandidere haplotyper bestående af disse kandidat-indels. Hvis der er tilstrækkelig evidens for en alternativ haplotype til referencen, så vil programmet kalde en indel.

Det er muligt at teste indels registret med andre metoder via brug af Dindel, for eksempel længere indels indhentet via samlingsmetoder. Dindel vil så lave sammenligning for både oversatte og ej oversatte læsninger for at se om kandidat-indelen er understøttet af læsningerne.

Dindel viser både genotypesandsynligheder og inkluderer et skript til at konvertere disse til en VCF-fil med indel- og SNP-kald.

Der er grundlæggende understøttelse for visning af nye udredede BAM-filer for hvert udredningsvindue. Disse udredede BAM-filer kan bruges til at kalde SNP'er tæt på (kandidat) indels.

Other Packages Related to dindel

• dep: libboost-program-options1.67.0

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libc6 (>= 2.15)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.5)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download dindel

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
armhf	1.01-wu1-3+dfsg-1+b1	288.1 kB	638.0 kB	[list of files]