Package: r-cran-surveillance (1.16.2-1)

[ Source: r-cran-surveillance  ]

GNU R-pakke for modellering og overvågning af epidemiologiske udbrud

Implementering af statiske metoder for modellering og detektering af ændringspunkt i tidsserier for antal, proportioner og kategoridata, samt modellering af fortsættende epidemiologiske udbrud, f.eks. »discrete-space«-opsætninger såsom de delvist berigede Susceptible-Exposed-Infectious-Recovered-modeller (SEIR) eller fortsættende punktprocesdata såsom forekomsten af smitsomme sygdomme. Hovedfokus er detektering af udbrud i antal datatidsserier, der kommer fra offentlige sygdomsovervågning af smitsomme sygdomme, men anvendelsen kunne også komme fra miljømålinger, troværdighedsmålinger, økonometri eller samfundsvidenskab.

I øjeblikket indeholder pakken implementeringer af mange typiske detekteringsprocedurer for udbrud såsom Farrington et al (1996), Noufaily et al (2012) eller den negative binomial LR-CUSUM-metode beskrevet i Höhle og Paul (2008). En CUSUM-fremgangsmåde for begyndere der kombinerer logistik og flernomial logistisk modellering er også inkluderet. Derudover tilbydes inferensmetoder for de retrospektive smitsomme sygdomsmodeller i Held et al (2005), Held et al (2006), Paul et al (2008), Paul og Held (2011), Held og Paul (2012) og Meyer og Held (2014).

Fortsættende selvspændende spatio-temporal punktprocesser er modelleret via additve-multiplikative betingede intensiteter som beskrevet i Höhle (2009) (»twinSIR«, discrete space) og Meyer et al (2012) (»twinstim«, continuous space).

Denne pakke indeholder flere datasæt fra den virkelige verden, evnen til at simulere udbrudsdata, visualisere resultaterne af overvågningen i temporal, delvis eller spatio-temporal betydning.

Bemærk: Brug af algoritmen boda kræver pakken INLA, som er tilgængelig fra <http://www.r-inla.org/download>.

Tags: Field: Medicine, Implemented in: GNU R, User Interface: interface::commandline, role::program

Other Packages Related to r-cran-surveillance

• dep: libc6 (>= 2.17)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: r-api-3.5

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-base-core (>= 3.5.1-1)

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-cran-mass

  GNU R-pakke med Venables og Ripleys MASS

• dep: r-cran-matrix

  GNU R-pakke til klasser for tætte matricer og matricer med få udfald

• dep: r-cran-nlme

  GNU R-pakke for (ikke)lineære mixed effects-modeller

• dep: r-cran-polycub (>= 0.6.0)

  GNU R Cubature over Polygonal Domains

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.11.1)

  GNU R-pakke for Seamless R og C++-integration

• dep: r-cran-sp (>= 1.0-15)

  GNU R-klasser og metoder for delvise data

• dep: r-cran-spatstat (>= 1.36-0)

  GNU R Spatial Point Pattern - analyse, modeltilpasning, simulering, test

• dep: r-cran-xtable (>= 1.7-0)

  Gennemtvinger omdannelse af GNU R-data til tabeller i LaTex og HTML

• rec: r-cran-maxlik

  GNU R maximum likelihood-estimering

• rec: r-cran-memoise

  Memoise-funktioner

• rec: r-cran-spdep

  GNU R-rumlig afhængighed - vægtskemaer, statistik og modeller

• rec: r-cran-testthat (>= 0.10.0)

  GNU R-testpakke

• sug: r-cran-animation

  GNU R gallery of animations and utilities to create animations

• sug: r-cran-coda

  Uddataanalyse og -diagnostik for MCMC-simuleringer i R

• sug: r-cran-colorspace

  GNU R - manipulering af farverum

• sug: r-cran-ggplot2

  Implementering af Grammar of Graphics

• sug: r-cran-gridextra (>= 2.0.0)

  GNU R-pakke med udvidelser for pakken grid

• sug: r-cran-gsl

  GNU R-omslag for GNU Scientific Library

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-lattice

  GNU R-pakke for »Trellis«-grafik

• sug: r-cran-maptools

  GNU R Tools for reading and handling spatial objects

• sug: r-cran-msm

  GNU R Multi-state Markov og skjulte Markovmodeller i sammenhængende tid

• sug: r-cran-numderiv

  GNU R-pakke for præcise numeriske derivater

• sug: r-cran-polyclip

  GNU R Polygon Clipping

• sug: r-cran-quadprog

  GNU R-pakke for løsning af kvadratiske programmeringsproblemer

• sug: r-cran-scales

  Skaler funktioner for visualisering

• sug: r-cran-spc

  GNU R - statistisk proceskontrol

• sug: r-cran-testthat (>= 0.11.0)

  GNU R-testpakke

• sug: r-cran-xts

  GNU R-pakke for tidsserieanalyse - xts

Download r-cran-surveillance

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
arm64	5,600.6 kB	6,913.0 kB	[list of files]