Package: maffilter (1.3.1+dfsg-1 and others)

[ Source: maffilter  ]

Behandl genomsammenligning i Multiple Alignment Format

MafFilter anvender en serie af »filtre« på en MAF-fil, for at rense den, udtrække data og computerstatistik mens der holdes styr på de associerede metadata såsom genomkoordinater og kvalitetsbedømmelser.

 * Kan behandle sammenligningen for at fjerne maskerede regioner i lav
   kvalitet og/eller tvetydige.
 * Kan eksportere data i en enkel eller flere sammenligningsfiler i et
   format såsom Fasta eller clustal.
 * Kan læse annotationsdata i GFF- eller GTF-format, og udtrække den
   tilsvarende sammenligning
 * Kan udføre glidende vinduesberegninger
 * Kan rekonstruere fylogeni/slægtsforskning sammen med
   genomsammenligningen.
 * Kan beregne statistik for populationsgenetik, såsom
   stedfrekvensspektrum, antallet af faste/pymorfiske steder etc.

Other Packages Related to maffilter

• dep: libboost-iostreams1.67.0

  Bibliotek for Boost.Iostreams

• dep: libboost-regex1.67.0 (>= 1.67.0-10)

  Regulært udtryksbibliotek for C++

• dep: libbpp-core4

  Bio++ Core-bibliotek

• dep: libbpp-phyl-omics3 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetics-bibliotek - genomiske komponenter

• dep: libbpp-phyl12

  Bio++ Phylogentic-bibliotek

• dep: libbpp-seq-omics3

  Bio++-sekvensbibliotek: genomiske komponenter

• dep: libbpp-seq12

  Bio++ Sequence-bibliotek

• dep: libbz2-1.0

  højkvalitets bloksorteringsfilpakningsbibliotek - kørselstid

• dep: libc6 (>= 2.17)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• sug: maffilter-examples

  Behandl genomsammenligning i Multiple Alignment Format - dataeksempler

Download maffilter

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
arm64	1.3.1+dfsg-1+b1	189.9 kB	795.0 kB	[list of files]