Package: libfreecontact0v5 (1.0.21-7 and others)

[ Source: freecontact  ]

Hurtig protein-kontaktprædiktor - bibliotek

FreeContact er en protein-kontaktrestprædiktor optimeret til hastighed. Dens indgang er en flersekvensopstilling. FreeContact kan fungere som en accelereret erstatning for de offentliggjorte kontaktprædiktorer EVfold-mfDCA af DS. Marks (2011) og PSICOV af D. Jones (2011).

FreeContact accelereres af en kombination af vektorinstruktioner, flere tråde og hurtigere gennemførelse af centrale dele. Afhængig af opstillingen er 8-fold eller højere hastighedsforøgelser mulige.

En tilstrækkelig stor tilpasning er påkrævet for meningsfulde resultater. Som minimum bør en opstilling med et effektivt (efter-vægtning) sekvensantal større end længden af søgesekvensen anvendes. Opstillinger med titusinder af (effektive) sekvenser betragtes som gode inddata.

Jackhmmer(1) fra hmmer-pakken eller hhblits(1) fra hhsuite kan anvendes til at oprette opstillingerne, f.eks.

Denne pakke indeholder det delte bibliotek, der implementerer freecontact.

Tags: Role: Shared Library

Other Packages Related to libfreecontact0v5

• dep: libblas3

  Grundlæggende reference-implementeringer til lineær algebra, delt bibliotek

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis2-openmp, libblis2-pthread, libblis2-serial, libopenblas-base

• dep: libc6 (>= 2.17)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgfortran5 (>= 8)

  Kørselstidsbibliotek for GNU Fortran-programmer

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: liblapack3

  Bibliotek for lineære algebrarutiner 3 - delt version

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, liblapack3, libopenblas-base

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

Download libfreecontact0v5

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
arm64	1.0.21-7+b1	64.9 kB	165.0 kB	[list of files]