Rekonstruktion af fylogenetiske træer gennem maksimal lighed
TREE-PUZZLE (det nye navn for PUZZLE) er et interaktivt konsolprogram, der
implementerer en hurtig algoritme for træ-søgning, kvartets-gåder
(»quartet-puzzling«), der tillader analyse af større datasæt og automatisk
tildeling af estimater af understøttelse for hver enkelt interne gren.
TREE-PUZZLE beregner også parvist sandsynligheden for maksimale distancer,
og desuden længden på grene for træer angivet af bruger. Længde på grene kan
også beregnes med antagelsen af et ur (»clock-assumption«). Yderligere
tilbyder TREE-PUZZLE en ny metode, ligheds-kortlægning, til at undersøge
understøttelsen af hypotese-baserede interne grene uden beregning af træet
i sin helhed, samt visualisering af det fylogenetistiske indhold af
sekvensjusteringer.
