Package: samtools (1.9-4)

[ Source: samtools  ]

Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

Samtools er et sæt af værktøjer, der manipulerer sammenligninger af nukleotidsekvenser i det binære BAM-format. Værktøjet importerer fra og eksporterer til ascii SAM-formatet (Sequence Alignment/Map) og CRAM-formater, udfører sortering, sammenlægning og indeksering, og gør det muligt at hente læsninger i alle områder hurtigt. Det er designet til at arbejde på en strøm, og er i stand til at åbne en BAM- eller CRAM-fil (ikke SAM) på en ekstern FTP- eller HTTP-server.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to samtools

• dep: libc6 (>= 2.14)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libhts2 (>= 1.9)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libncurses6 (>= 6)

  delte biblioteker til terminalhåndtering

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  delt terminfo-bibliotek på lavt niveau for terminalhåndtering

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: cwltool

  Common Workflow Language - referenceimplementering

• rec: python

  Interaktivt objektorienteret sprog på højt niveau - Python 2-version

Download samtools

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	432.3 kB	1,008.0 kB	[list of files]