Package: samblaster (0.1.24-2)

[ Source: samblaster  ]

Markerer dubletter, udtrækker discordant/split-læsninger

Nuværende »next-generation« sekventeringsteknologi kan ikke fortælle hvilken præcis sekvens de vil læse. De tager hvad der er tilgængelig. Og hvis nogle sekvenser læses meget ofte, så skal dette bruge lidt ekstra biomedicinsk tænkning. Genomet kan for eksempel blive duplikeret.

Samblaster er et hurtigt og fleksibelt program til at markere dubletter i read-id-grupperede paired-end SAM-filer. Det kan også valgfrit fremstille discordant read pairs og/eller opdele læsningsoversættelser til separate SAM-filer, og/eller unmapped/clipped læsninger til en separat FASTQ-fil. Når dubletter markeres vil samblaster kræver cirka 20 MB hukommelse per 1M læste par.

Other Packages Related to samblaster

• dep: libc6 (>= 2.14)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

Download samblaster

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	22.8 kB	57.0 kB	[list of files]