Package: grabix (0.1.7-1)

[ Source: grabix  ]

Wee-værktøj for vilkårlig adgang i BGZF-filer

I biomedicinsk forskning er det en stigende praksis at studere det genetiske grundlag for sygdom. Dette består nu ofte af sekventering af menneskesekvenser. Resultatet for maskinen er dog redundant, og den reelle sekvens er den bedste sekvens til at forklare redundansen. Udvekslingen af data sker kun med komprimerede filer - ellers er de for store og redundante at udføre. Man bør undgå dekomprimering hvor muligt.

Grabix udnytter det fantastiske BGZF-bibliotek fra pakken samtools til at tilbyde vilkårlig adgang til tekstfiler, som er blevet komprimeret med bgzip. Grabix opretter sit eget indeks (.gbi) over bgzipped-filen. Når indekseret kan man udtrække arbitrære linjer fra filen med kommandoen grab. Eller vælge vilkårlige linjer med kommandoen random.

Other Packages Related to grabix

• dep: libc6 (>= 2.14)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.3.1)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: tabix

  Generisk indeksprogram for TAB-afgrænsede arvemassepositionsfiler

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download grabix

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	14.5 kB	56.0 kB	[list of files]