Package: smalt-examples (0.7.6-8)
Links for smalt-examples
Debian Resources:
Download Source Package smalt:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [www.sanger.ac.uk]
Similar packages:
Værktøj til sekvensoversættelse og sammenligning - eksempler
SMALT sammenligner effektivt DNA-sekvenslæsninger med et referencegenom. Læsninger fra en bred vifte af sekvensplatforme, for eksempel Illunina, Roche-454, Ion Torrent, PacBio eller ABI-Sanger, kan behandles inklusive parrede læsninger.
Programmet anvender et perfekt hashindeks med korte ord (<20 nukleotider lang), samplet ved ækvivalente trin langs genomreferencesekvenser.
For hver læsning bliver potentielt matchende segmenter i referencen identificeret fra seed-matchninger i indekset og efterfølgende sammenlignet med læsningen via en forbundet Smith-Waterman-algoritme.
Den bedste sammenligning af hver læsning rapporteres inklusive en bedømmelse af troværdighed for bedste oversættelse. Brugeren kan justere balancen mellem sensitivitet og hastighed ved at finjustere længden og mellemrum for hashede ord.
En tilstand for registrering af split-læsninger (chimeric) tilbydes. Programkørsel med flere tråde er også understøttet.
Denne pakke indeholder eksempler på data og en testpakke til at teste dataene.
Download smalt-examples
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| all | 70,186.1 kB | 70,232.0 kB | [list of files] |