Konverterer proteiner til genomisk DNA-sammenligning
PAL2NAL er et program, der konverterer en flersekvenssammenligning af
proteiner og de tilsvarende DNA-sekvenser (eller mRNA-) til en codon-
baseret DNS-sammenligning. Programmet tildeler automatisk den tilsvarende
codon-sekvens selv om DNA-sekvensens inddata har forskelle med
proteinsekvensen eller indeholder UTR'er, polyA-haler. Den kan også
håndtere billedskift i sammenligningen, der er egnet for analyse af
pseudogener. Den medfølgende codon-baserede DNA-sammenligning kan
derudover udsættes for beregningen af synonymous (Ks) og ikke-synonymous
(Ka) erstatningsrater.