Package: umis (1.0.7-1 and others)

[ Source: umis  ]

Værktøjer til at behandle UMI RNA-mærkedata

Umis tilbyder værktøjer til at estimere udtryk i RNA-Seq-data, der udfører sekventering af slutmærker for transkript og indarbejde molekylære mærker til at rette amplifikationsbias.

Der er fire trin i denne proces.

 1. Formatering af læsninger
 2. Filtrering af cellulære stregkoder ramt af støj
 3. Pseudooversættelse til cDNA'er
 4. Tælle molekylære identifikatorer

Other Packages Related to umis

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.4) [not arm64, ppc64el]

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

  dep: python3 (<< 3.10)

  dep: python3 (>= 3.9~)

• dep: python3-click

  Omslag omkring optparse for kommandolinjeredskaber - Python 3.x

• dep: python3-pandas

  Datastrukturer for »relationelle« data eller »etiketdata«

• dep: python3-pysam

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3

• dep: python3-regex

  Alternativt regulært udtryksmodul - Python 3

• dep: python3-scipy

  Videnskabelige værktøjer for Python 3

• dep: python3-toolz

  List processing tools and functional utilities

• sug: umis-examples

  Værktøjer til at behandle UMI RNA-mærkedata - eksempler

Download umis

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.0.7-1+b1	25.2 kB	114.0 kB	[list of files]
arm64	1.0.7-1+b1	24.8 kB	110.0 kB	[list of files]
armel	1.0.7-1+b1	25.7 kB	109.0 kB	[list of files]
armhf	1.0.7-1+b1	24.3 kB	105.0 kB	[list of files]
i386	1.0.7-1+b1	25.7 kB	109.0 kB	[list of files]
mips64el	1.0.7-1+b1	25.1 kB	111.0 kB	[list of files]
mipsel	1.0.7-1+b1	25.0 kB	110.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.0.7-1+b1	25.6 kB	158.0 kB	[list of files]