Package: sra-toolkit (2.10.9+dfsg-2)
Links for sra-toolkit
Debian Resources:
Download Source Package sra-sdk:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Charles Plessy (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Aaron M. Ucko (QA Page)
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
Redskaber for NCBI Sequence Read Archive
Værktøjer til at læse SRA-arkivet, generelt ved at konvertere individuelle kørsler til et ofte anvendt format såsom fastq.
De tekstmæssige dumpere »sra-dump« og »vdb-dump« tilbydes i denne udgivelse som en hjælp til visuel inspektion. Det er sandsynligt, at den faktiske uddataformatering vil blive ændret i den nære fremtid for en mere stringent, mere formaliseret repræsentation. AFHÆNG IKKE AF UDDATAFORMATET I DENNE UDGIVELSE.
Andre værktøjer distribueret i denne pakke er:
abi-dump, abi-load align-info bam-load cache-mgr cg-load copycat fasterq-dump fastq-dump, fastq-load helicos-load illumina-dump, illumina-load kar kdbmeta latf-load pacbio-load prefetch rcexplain remote-fuser sff-dump, sff-load sra-pileup, sra-sort, sra-stat, srapath srf-load test-sra vdb-config, vdb-copy, vdb-decrypt, vdb-encrypt, vdb-get, vdb-lock, vdb-passwd, vdb-unlock, vdb-validate
Informationen »Help« vil blive forbedret i fremtidige udgivelser og værktøjsindstillingerne vil blive standardiseret på tværs af sættet. Yderligere dokumentation vil også blive lagt på NCBI-hjemmesiden.
Værktøjsindstillinger kan ændre sig i den næste udgivelse. Version 1- værktøjsindstillinger vil forblive understøttet hvor muligt for at bevare funktionaliteten på eksisterende skripter.
Other Packages Related to sra-toolkit
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libfuse2 (>= 2.6)
- Filsystem i brugerrum (bibliotek)
-
- dep: libkdf5-2 (>= 2.10.9+dfsg)
- hdf5 access to data in the INSDC Sequence Read Archives
-
- dep: libmagic1 (>= 5.12)
- Bestem typen af data i en fil via brug af »magiske« tal - bibliotek
-
- dep: libncbi-vdb2 (>= 2.10.9+dfsg)
- libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives
-
- dep: libncbi-wvdb2 (>= 2.10.9+dfsg)
- virtual layer update modul of ncbi-vdb library
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: libxml2 (>= 2.7.4)
- XML-bibliotek til GNOME
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.2)
- Komprimeringsbibliotek - kørselstid
-
- rec: med-config (>= 2.1)
- Debian Med - generel konfigurationspakke
Download sra-toolkit
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 5,056.6 kB | 10,056.0 kB | [list of files] |