Package: augur (11.0.0-1)

[ Source: augur  ]

Datakanalkomponenter for realtids viraanalyse

Projektet nextstrain er et forsøg på at lave fleksible informatik-datakanaler og visualiseringsværktøjer til at registrere igangværende patogenevolution mens sekvensdata sammenføjes. Projektet nextstrain er afledt af nextflu, som var specifik for influenza-evolution.

Nextstrain består af tre komponenter:

 * fauna: database og IO-skripter for sekvens- og serologiske data
 * augur: informatikdatakanaler til at udføre slutninger fra rå data
 * auspice: internetprogram til at visualisere medfølgende slutninger

Other Packages Related to augur

• dep: fasttree

  Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser

• dep: iqtree

  Effektivt fylogenetisk program ved maksimal sandsynlighed

• dep: mafft

  Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-bcbio-gff

  Python 3-bibliotek til at læse og skrive Generic Feature Format

• dep: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• dep: python3-boto (>= 2.38.0)

  Pythongrænseflade til Amazons nettjenester - Python 3.x

• dep: python3-cvxopt

  Python 3-pakke for konveks optimering

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library - Python 3

• dep: python3-ipdb

  IPython-baseret pdb-erstatning - Python 3-version

• dep: python3-jsonschema

  Endnu en implementering af JSON Schema (Draft 3 og 4) - Python 3.x

• dep: python3-matplotlib (>= 1.5.1)

  Pythonbaseret plotsystem i en stil svarende til Matlab - Python 3

• dep: python3-packaging

  Grundlæggende redskaber for Python 3-pakker

• dep: python3-pandas (>= 0.16.2)

  Datastrukturer for »relationelle« data eller »etiketdata«

• dep: python3-schedule

  Jobplanlægning for mennesker - Python 3

• dep: python3-seaborn (>= 0.6.0)

  Statistisk visualiseringsbibliotek for Python 3

• dep: python3-treetime

  Inferens af tidsstemplede fylogenier og forfædres rekonstruktion - Python 3

• dep: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood for pylogenetiske træer

• dep: seqmagick

  Imagemagick-lignende brugerflade til Biopython SeqIO

• dep: vcftools

  Samling af værktøjer til arbejdet med VCF-filer

Download augur

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	138.2 kB	606.0 kB	[list of files]