Package: shasta (0.7.0-3)

[ Source: shasta  ]

Nanopore-helgenomsamling - binære filer og skripter

De novo-samling fra Oxford Nanopore-læsninger. Formålet med Shasta lang læsnings-samleren er hurtigt at fremstille en præcis samlet sekvens via DNA-læsninger som inddata oprettet af Oxford Nanopore-forløbsceller.

Beregningsmetoder brugt af Shasta-samlerne inkluderer:

 * Brug af en afviklingslængde repræsentation for læsesekvensen. Dette
   gør samlingsprocessen meget modstandsdygtig for fejl i homopolymer
   gentagsantal, der er den hyppigste fejltype i Oxford Nanopore-læsninger.

 * Brug i nogle faser af beregningen en repræsentation af læsningssekvensen
   baseret på markører, et fast undersæt af korte k-mer'er (k ≈ 10).

Shastas samlingskvalitet kan sammenlignes med eller er bedre end samlingskvaliteten opnået af andre lang læsnings-samlere.

Denne pakke indeholder de kørbare binære filer (værktøjer) og medfølgende skripter.

Other Packages Related to shasta

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0)

  C++-repræsentaton af tidsvarighed, tidspunkt og ure

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python3-shasta (= 0.7.0-3)

  Nanopore-helgenomsamling - dynamisk bibliotek

Download shasta

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	534.1 kB	2,324.0 kB	[list of files]
arm64	526.4 kB	2,346.0 kB	[list of files]