Package: r-bioc-genomicfeatures (1.42.1+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-genomicfeatures  ]

GNU R-værktøjer til at lave og manipulere transcript centric-annotationer

Et sæt af værktøjer og metoder til at lave og manipulere transcript centric-annotationer. Med disse værktøjer kan brugeren nemt hente genomplaceringen for udskrifterne, exoner og cd'er for en given organisme, fra enten UCSC Genome Browser eller en BioMart-database (flere kilder vil være understøttet i fremtiden). Denne information lagres så i en lokal database, der holder styr på relationen mellem udskrifter, exoner, cd'er og gener. Fleksible metoder tilbydes for at udtrække de ønskede funktioner i et praktisk format.

Other Packages Related to r-bioc-genomicfeatures

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.12

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.0.3-1)

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.41.4)

  GNU R Annotation Database-grænseflade for BioConductor

• dep: r-bioc-biobase (>= 2.15.1)

  Grundlæggende funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.1.0)

  Generiske funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biomart (>= 2.17.1)

  GNU R Interface til BioMart-databsaer (Ensembl, COSMIC, Wormbase og Gramene)

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6)

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.25.7)

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.17)

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.23)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.39.7)

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.29)

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.19.7)

  BioConductor-repræsentation og manipulering af eksterne sekvenser

• dep: r-cran-dbi

  GNU R-pakke der tilbyder en generisk databasegrænseflade

• dep: r-cran-rcurl

  GNU R General network (HTTP/FTP/...) client interface

• dep: r-cran-rsqlite (>= 2.0)

  Database Interface R-driver for SQLite

• sug: r-bioc-biocstyle

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-bioc-bsgenome

  BioConductor-infrastruktur for Biostrings-baserede arvemassepakker

• sug: r-bioc-ensembldb

  GNU R-redskaber til at oprette og bruge en Ensembl-baseret annotationsdatabase

• sug: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.7)

  Bioconductor-repræsentation og manipulering af korte arvemassesammenligninger

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db

  Genom-bred annotation for mennesker

• sug: r-bioc-rsamtools

  GNU R-binær sammenligning (BAM), variantkald (BCF) eller tabix-filimport

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-runit

  GNU R-pakke der tilbyder en ramme for enhedstest

Download r-bioc-genomicfeatures

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	1,791.1 kB	4,660.0 kB	[list of files]