Package: multiqc (1.9+dfsg-3)

[ Source: multiqc  ]

Vis integration for RNS-sekventering på tværs af værktøjer og prøver

Sekventeringen af DNA eller RNA med nuværende teknologier med høj gennemløb involverer en række værktøjer og disse anvendes over en række prøver. Det er nemt at miste overblikket. Og indsamling af dataene og at sende dem videre på en læsbar måde til de individer der foretog prøverne er en udfordring for et værktøj i sig selv. Men her er det. MultiQC opsamler resultatet fra være værktøjer i en enkelt rapport.

Rapporter oprettes ved at skanne mapper for genkendte logfiler. Disse fortolkes og en enkel HTML-rapport oprettes, der summerer statistikken for alle logge fundet. MultiQC-rapporter kan beskrive flere analysetrin og et stort antal prøver i et enkelt plot og flere analyseværktøjer gør det ideelt for rutinemæssige kvalitetskontrol i høj fart.

Other Packages Related to multiqc

• dep: fonts-glyphicons-halflings

  Ikoner lavet for mindre grafik

• dep: libjs-bootstrap

  HTML, CSS og JS-ramme

• dep: libjs-jquery

  JavaScript-bibliotek for dynamiske internetprogrammer

• dep: libjs-jquery-tablesorter

  Fleksibel klientorienteret tabelsortering - jQuery-udv.modul

• dep: libjs-jquery-ui

  Brugerfladebibliotek til JavaScript for dynamiske internetprogrammer

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-click

  Omslag omkring optparse for kommandolinjeredskaber - Python 3.x

• dep: python3-coloredlogs

  Farvelagt terminal for Python 3's logningsmodul

• dep: python3-distutils

  Distutils-pakke for Python 3.x

• dep: python3-future

  Simpel single-source-understøttelse for Python 3 og 2 - Python 3.x

• dep: python3-humanfriendly (>= 8.1-2)

  Python 3-bibliotek til at lave brugervenlige tekstgrænseflader

• dep: python3-jinja2

  Lille men hurtigt og letanvendelig enkeltstående skabelon-generator

• dep: python3-lzstring

  LZ-baseret komprimeringsalgoritme for Python - Python 3-version

• dep: python3-markdown

  Tekst til HTML-konverteringsbibliotek og værktøj - Python 3-version

• dep: python3-matplotlib

  Pythonbaseret plotsystem i en stil svarende til Matlab - Python 3

• dep: python3-networkx

  Værktøj til at oprette, manipulere og studere komplekse netværk - Python 3

• dep: python3-numpy

  Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget

• dep: python3-requests

  Elegant og simpelt HTTP-bibliotek for Python3, bygget for mennesker

• dep: python3-simplejson

  Simpel, hurtig, udvidelig JSON-koder/afkoder for Python 3.x

• dep: python3-spectra

  Easy color scales and color conversion for Python (Python 3 version)

• dep: python3-yaml

  YAML-fortolker og udleder for Python 3

• rec: libjs-filesaver

  Klientside, HTML5-bibliotek til at gemme lokale filer

• rec: node-clipboard

  Node.js module to copy to clipboard without flash

• rec: pandoc

  Generelt værktøj til konvertering af opmærkning

• rec: texlive-xetex

  TeX Live - XeTeX og pakker

• enh: adapterremoval

  Hurtig adaptertrimming, identifikation og læsesammenføjning af gensekvenser

• enh: afterqc

  Package not available

• enh: bamtools

  Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser

• enh: bbmap

  Kort læsning-sammenligningsprogram og andre bioinformatikværktøjer

• enh: bcftools

  Genomisk variantkald og manipulering af VCF/BCF-filer

• enh: bcl2fastq

  Package not available

• enh: biobambam2

  Værktøjer for tidlig trin behandling af sammenligningsfil

• enh: biobloomtools

  Package not available

• enh: biscuit

  Package not available

• enh: bismark

  Package not available

• enh: bowtie

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• enh: bowtie2

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• enh: busco

  Sammenligningssæt af universelle ortologer i en enkelt kopi

• enh: clipandmerge

  Package not available

• enh: clusterflow

  Package not available

• enh: conpair

  Package not available

• enh: cutadapt

  Rens biologiske sekvenser fra sekvenslæsninger med høj gennemløb

• enh: damageprofiler

  Package not available

• enh: dedup

  Package not available

• enh: deeptools

  Package not available

• enh: disambiguate

  Package not available

• enh: dragen

  Package not available

• enh: fastp

  Ultrahurtig alt i en FASTQ-forbrænder

• enh: fastq-screen

  Package not available

• enh: fastqc

  Kvalitetskontrol for høj gennemløb af sekvensdata

• enh: featurecounts

  Package not available

• enh: fgbio

  Package not available

• enh: flash

  Fast Length Adjustment of SHort reads

• enh: flexbar

  Fleksibel stregkode og adapterfjernelse for sekvensplatforme

• enh: gatk

  Package not available

• enh: goleft-indexcov

  Package not available

• enh: happy

  Fortolkeropretter for Haskell

• enh: hicexplorer

  Package not available

• enh: hicpro

  Package not available

• enh: hicup

  Package not available

• enh: hisat2

  Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer

• enh: homer

  Package not available

• enh: htseq

  Package not available

• enh: interop

  Package not available

• enh: ivar

  Funktioner brugt bredt for viral amplicon-baseret sekventering

• enh: jellyfish

  Tæl k-mers i DNA-sekvenser

• enh: kaiju

  Package not available

• enh: kallisto

  Næsten optimal RNA-Seq-kvantificering

• enh: kat

  Package not available

• enh: kraken

  Tildeling af taksonomiske etiketter til korte DNA-sekvenser

• enh: leehom

  Package not available

• enh: longranger

  Package not available

• enh: macs2

  Package not available

• enh: malt

  Package not available

• enh: methylqa

  Package not available

• enh: minionqc

  Package not available

• enh: mirtop

  Mærk miRNA'er med et standardnavn mirna/isomir

• enh: mirtrace

  Package not available

• enh: mosdepth

  BAM/CRAM depth calculation biological sequencing

• enh: mtnucratio

  Package not available

• enh: multivcfanalyzer

  Package not available

• enh: peddy

  Package not available

• enh: phantompeakqualtools

  Package not available

• enh: picard-tools

  Kommandolinjeværktøjer til at manipulere SAM- og BAM-filer

• enh: preseq

  Package not available

• enh: prokka

  Hurtig annotaton af prokaryotiske genomer

• enh: pycoqc

  computes metrics and generates Interactive QC plots

• enh: qorts

  Package not available

• enh: qualimap

  Package not available

• enh: quast

  Package not available

• enh: rna-seqc

  Package not available

• enh: rna-star

  Ultrahurtig univerel RNA-seq-sammenligningsprogram

• enh: rockhopper

  Package not available

• enh: rsem

  RNA-Seq ved Expectation-Maximization

• enh: rseqc

  Package not available

• enh: salmon

  Wicked-hurtig transskriptkvantificering fra RNA-seq-data

• enh: samblaster

  Markerer dubletter, udtrækker discordant/split-læsninger

• enh: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• enh: sargasso

  Package not available

• enh: seqyclean

  Package not available

• enh: sexdeterrmine

  Package not available

• enh: sickle

  Vinduesopdelt adaptiv trimmingværktøj for FASTQ-filer der bruger kvalitet

• enh: skewer

  Efterbehandling af høj-gennemløb DNA-sekvenslæsninger

• enh: slamdunk

  Package not available

• enh: snpeff

  Package not available

• enh: snpsplit

  Package not available

• enh: somalier

  Package not available

• enh: sortmerna

  Værktøj til at filtrere, oversætte og OTU-udvælge NGS-læsninger

• enh: stacks

  Datakanal for bygning af loci fra kort-læs DNA-sekvenser

• enh: supernova

  Package not available

• enh: theta2

  Package not available

• enh: tophat

  Package not available

• enh: trimmomatic

  Fleksibelt værktøj til læsetrimning af Illumina NGS-data

• enh: varscan2

  Package not available

• enh: vcftools

  Samling af værktøjer til arbejdet med VCF-filer

• enh: verifybamid

  Package not available

Download multiqc

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	541.2 kB	2,421.0 kB	[list of files]