Package: barrnap (0.9+dfsg-2)

[ Source: barrnap  ]

Hurtig ribosomal RNA-forudsigelse

Barrnap (BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor) forudsiger placeringen af ribosomale RNA-gener i genomer. Programmet understøtter bakterier (5S, 23S, 16S), archaea (5S, 5,8S, 23S, 16S), mitokondrier (12S, 16S) og eukaryoter (5S, 5,8S, 28S, 18S).

Programmet anvender FASTA DNA-sekvens som inddata, og skriver GFF3 som uddata. Programmet bruger NHMMER-værktøjet som følger med HMMER 3.1 for HMM-søgning i RNA:DNA-stil. Flere tråde er understøttet, og man kan forvente nogenlunde lineære hastighedsforøgelser med flere cpu'er.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::perl, interface::commandline, Role: Program, Purpose: use::searching, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to barrnap

• dep: bedtools

  Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner

• dep: hmmer (>= 3.1)

  Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

Download barrnap

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	199.3 kB	1,440.0 kB	[list of files]