Enkelt-celle RNA-Seq for differentiering af menneskelige skeletmuskelmyoblaster
Skeletmyoblaster gennemgår en velkarakteriseret sekvens af morfologiske og transkriptionelle ændringer under differentiering. I dette eksperiment blev primære humane skeletmuskelmyoblaster (HSMM) udvidet under høje mitogenforhold (GM) og derefter differentieret ved skiftning til lav-mitogen medier (DM). RNA-Seq-biblioteker blev sekventeret fra hver af flere hundrede celler taget over et tidsforløb af serum-induceret differentiering. Mellem 49 og 77 celler blev fanget ved hver af fire tidspunkter (0, 24, 48, 72 timer) efter serumskift ved brug af Fluidigm C1-mikrofluidsystemet. RNA fra hver celle blev isoleret og brugt til at konstruere mRNA-Seq-biblioteker, som derefter blev sekventeret til en
dybde på ~4 millioner aflæsninger per bibliotek, hvilket resulterer i en komplet gen-ekspressionsprofil for hver celle.
