Package: pinfish (0.1.0+ds-2)

[ Source: pinfish  ]

Samling af værktøjer til at annotere genomer via lang læste transkriptomiske data

Værktøjskæden er sammensat af de følgende værktøjer: 1. spliced_bam2gff - et værktøj til at konvertere sorterede BAM-filer indeholdende opdelte sammenligninger i GFF2-formatet.

2. cluster_gff - dette værktøj benytter en sorteret GFF2-fil og klynger læsninger sammen der har enslignende exon/intron-struktur.

3. polish_clusters - dette værktøj benytter klyngedefinitionerne oprettet af cluster_gff og for hver klynge opretter en fejl korrigeret ved at læse

4. collapse_partials - dette værktøj benytter GFF'er oprettet af enten cluster_gff eller polish_clusters.

Other Packages Related to pinfish

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.4) [not arm64, ppc64el]

• dep: minimap2

  Alsidig parvis sammenligner for genomiske og opdelte nukleotide sekvenser

• dep: racon

  consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

Download pinfish

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,332.5 kB	8,545.0 kB	[list of files]
arm64	1,175.2 kB	8,249.0 kB	[list of files]
mips64el	1,151.6 kB	9,119.0 kB	[list of files]
ppc64el	1,160.3 kB	8,313.0 kB	[list of files]
s390x	1,203.2 kB	8,697.0 kB	[list of files]