Package: pdb2pqr (2.1.1+dfsg-7+deb11u1)

[ Source: pdb2pqr  ]

Præparation af proteinstrukturer for elektrostatiske beregninger

PDB2PQR er en Pythonprogrampakke, som automatiserer mange af de fælles opgaver med at forberede strukturer for kontinuum elektrostatik beregninger. Det giver således et af platformen uafhængigt værktøj til konvertering af proteinfiler i PDB-format til PQR-format. Disse opgaver omfatter:

 * Tilføjelse af et begrænset antal manglende tunge atomer til
   biomolekylære strukturer
 * Bestemmelse af sidekæde pKas
 * Placering af manglende hydrogener
 * Optimering af proteinet til gunstig hydrogenbinding
 * Tildele ladnings- og radiusparametre fra en række kraftfelter

Denne pakke indeholder også PropKa, et værktøj til at ændre protonationstilstanden hos proteinstrukturer i Protein Data Bank-formatet (PDB) for at matche en given pKa-værdi. Det kan også bruges til at præcisere NMR-strukturer, som ofte giver unøjagtige pKa-værdier for nogle rester.

Other Packages Related to pdb2pqr

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

  dep: python3 (<< 3.10)

  dep: python3 (>= 3.9~)

• dep: python3-networkx

  Værktøj til at oprette, manipulere og studere komplekse netværk - Python 3

• dep: python3-numpy

  Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget

• sug: apbs

  Tilpasse Poisson-Boltzmann-problemløser

• enh: autodocktools

  Package not available

Download pdb2pqr

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	383.0 kB	2,934.0 kB	[list of files]
arm64	373.5 kB	2,925.0 kB	[list of files]
armel	363.1 kB	2,853.0 kB	[list of files]
armhf	364.8 kB	2,737.0 kB	[list of files]
i386	389.2 kB	2,878.0 kB	[list of files]
mips64el	373.3 kB	3,199.0 kB	[list of files]
mipsel	372.3 kB	3,128.0 kB	[list of files]
ppc64el	385.5 kB	3,169.0 kB	[list of files]
s390x	384.1 kB	3,085.0 kB	[list of files]