Package: r-bioc-sva (3.38.0-1)

[ Source: r-bioc-sva  ]

GNU R - surrogat variabelanalyse

Pakken sva indeholder funktioner til at fjerne jobeffekter og anden uønsket variation i eksperimenter med høj gennemløb. Pakken sva indeholder specifikt funktioner til at identificere og bygge surrogat-variabler for højdimensionale datasæt. Surrogatvariabler er kovariater konstrueret direkte fra højdimensionale data (som gen-udtryk/RNA-sekventering/methylation/hjerne-billedata) der kan bruges i efterfølgende analyse til at justere for ukendte, ikke modellerede eller latente støjkilder. Pakken sva kan bruges til at fjerne artefakter på tre måder: (1) identificere og estimere surrogatvariabler for ukendte kilder af variation i eksperimenter med høj gennemløb (Leek and Storey 2007 PLoS Genetics,2008 PNAS), (2) direkte fjerne kendte jobeffekter via ComBat (Johnson et al. 2007 Biostatistics) og (3) fjerne jobeffekter med kendte kontrolprøver (Leek 2014 biorXiv). Fjernelse af jobeffekter og brug af surrogatvariabler i differentiel udtryksanalyse har vist at en reduktion i afhængighed, en stabilisering af estimater for fejlrater og forbedring af reproducerbarheden, se (Leek and Storey 2007 PLoS Genetics, 2008 PNAS eller Leek et al. 2011 Nat. Reviews Genetics).

Other Packages Related to r-bioc-sva

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.12

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.0.3-1)

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor - faciliteter for parallel evulering

• dep: r-bioc-edger

  Empirisk analyse af digitale gen-udtryksdata i R

• dep: r-bioc-genefilter

  Metoder for filtrering af gener fra microarray-eksperimenter

• dep: r-bioc-limma

  Lineære modeller for microarray-data

• dep: r-cran-matrixstats

  GNU R methods that apply to rows and columns of a matrix

• dep: r-cran-mgcv

  GNU R-pakke til flerparametre udjævningsestimering

• rec: r-bioc-bladderbatch

  GNU R-udtryksdata for blæregen der illustrerer partieffekter

• rec: r-cran-testthat

  GNU R-testpakke

• sug: r-bioc-biocstyle

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

Download r-bioc-sva

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
mips64el	436.8 kB	959.0 kB	[list of files]