Package: libseqlib2 (1.2.0+dfsg-4)

[ Source: libseqlib  ]

C++ htslib/bwa-mem/fermi-grænseflade for interrogating sequence-data

C++-API og kommandolinjeværktøj der tilbyder en hurtig og brugervenlig grænseflade til BAM/SAM/CRAM-filer, globale sekvenssammenligningsoperationer og sekvenssamling. Fire C-biblioteker udfører de grundlæggende operationer i SeqLib: HTSlib for BAM-adgang, BWA-MEM og BLAT for sekvenssammenligning og Fermi for fejlrettelse og sekvenssamling. Sammenligninger indikerer at SeqLib har lavere cpu- og hukommelseskrav end førende C++-sekvensanalyse-API'er. Minimal SeqLib-kode kan udtrække, rette fejl og samle læsninger fra en CRAM-fil og så sammenligne med BWA-MEM. SeqLib tilyder også yderligere funktioner, inklusive kromosom-egnede intervalforespørgsler og plot med læsninger. Kommandolinjeværktøjer er tilgængelige for udførelse af integreret fejlrettelse, mikrosamlinger og sammenligning.

Other Packages Related to libseqlib2

• dep: libc6 (>= 2.4)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libfml0 (>= 0.1+git20190320.b499514)

  Bibliotek til at samle Illumina-korte læsninger i små regioner

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libjsoncpp24 (>= 1.9.4)

  Bibliotek til at læse og skrive JSON for C++

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download libseqlib2

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
mips64el	145.6 kB	613.0 kB	[list of files]