Package: bowtie2 (2.4.2-2 and others)

[ Source: bowtie2  ]

Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

Bowtie 2 er et ultrahurtigt og hukommelseseffektivt værktøj til sammenligning af sekventeringslæsninger til lange referencesekvenser. Det er især velegnet til at justere læsninger fra omkring 50'erne op til 100'erne eller tusindvis af tegn, og særligt velegnet til at tilpasse til relativt lange (f.eks pattedyrs) arvemasser.

Bowtie 2 indekserer arvemassen med et FM-indeks til at holde sin hukommelsesaftryk lavt: for den menneskelige arvemasse er dets hukommelsesaftryk typisk omkring 3,2 GB. Bowtie 2 understøtter tilpasningstilstande for gapped, lokale og parret ende (paired-end).

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, Role: role::program, use::comparing, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to bowtie2

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• sug: bowtie2-examples

  Eksempler for bowtie2

Download bowtie2

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
mips64el	2.4.2-2+b2	1,294.0 kB	5,573.0 kB	[list of files]