Package: kmc (3.1.1+dfsg-3 and others)

[ Source: kmc  ]

Tæl kmers i arvemassesekvenser

Programmet kmc er designet til tælling af k-mers (sekvenser af k-symboler) i et sæt af læsninger. K-mer-tælling er vigtig for mange programmer indenfor bioinformatik, f.eks. udvikling af de Bruijn-grafassemblere.

Bygning af de Bruijn-grafer er en ofte anvendt fremgangsmåde for arvemassesamling med data fra anden generations sekvensering. Desværre resulterer sekventeringsfejl (ses ofte i praksis) i store hukommelseskrav for de Bruijn-grafer, samt lange byggetider. En af de populære fremgangsmåder til at håndtere dette problem er filtrering af inddatalæsninger på en sådan måde at unikke k-mers (meget sandsynligt indhentet som et resultat af en fejl) fjernes.

KMC skanner derfor de rå læsninger og fremstiller en kompakt repræsentation af alle læsninger, der ikke er unikke, sammen med antallet af deres forekomster. Algoritmen implementeret i KMC gør hovedsagelig brug af diskplads frem for RAM, som tillader at bruge KMC selv på ret så typiske personlige computere. Når kørt på højtydende servere (hvad er nødvendigt for KMC-konkurrenter) så overgår programmet dem både i hukommelseskrav og beregningshastighed. Diskplads til beregning er i samme omfang som størrelsen på inddataene (normalt er det mindre).

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, User Interface: Command Shell, Role: role::program, science::calculation, Scope: Utility, Purpose: Analysing, Calculating

Other Packages Related to kmc

• dep: libbz2-1.0

  højkvalitets bloksorteringsfilpakningsbibliotek - kørselstid

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, mipsel]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download kmc

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	3.1.1+dfsg-3+b2	861.5 kB	3,954.0 kB	[list of files]
arm64	3.1.1+dfsg-3+b2	672.7 kB	2,930.0 kB	[list of files]
armel	3.1.1+dfsg-3+b2	712.5 kB	3,291.0 kB	[list of files]
armhf	3.1.1+dfsg-3+b2	753.0 kB	2,355.0 kB	[list of files]
i386	3.1.1+dfsg-3+b2	1,056.6 kB	5,287.0 kB	[list of files]
mips64el	3.1.1+dfsg-3+b2	636.4 kB	3,919.0 kB	[list of files]
mipsel	3.1.1+dfsg-3+b2	900.0 kB	4,681.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.1.1+dfsg-3+b2	744.2 kB	3,946.0 kB	[list of files]
s390x	3.1.1+dfsg-3+b2	649.1 kB	3,554.0 kB	[list of files]