Værktøj til at filtrere, oversætte og OTU-udvælge NGS-læsninger
SortMerNA er et biologisk sekvensanalyseværktøj til at filtrere,
oversætte og OTU-udvælge NGS-læsninger. Grundalgoritmen er baseret på
tilnærmede seeds og muliggør hurtige og følsomme analyser af
nukleotidsekvenser. Den vigtigste anvendelse af SortMeRNA er filtrering
af rRNA fra metatranscriptomiske data.
Yderligere applikationer omfatter OTU-plukning og taksonomitildeling
til rådighed gennem QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).
SortMeRNA bruger som inddata en fil med læsninger (fasta- eller fastq-
format) og en eller flere rRNA-databasefiler og sorterer rRNA og
afviste læsninger væk i to filer specificeret af brugeren. Eventuelt
kan det give lokale sammenligninger i høj kvalitet af rRNA-læsninger
mod rRNA-databasen. SortMeRNA fungerer med Illumina-, 454-, Ion
Torrent- og PacBio-data og kan fremstille SAM- og BLAST-lignende
sammenligninger.
