Package: profbval (1.0.22-7)
Links for profbval
Debian Resources:
Download Source Package profbval:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Laszlo Kajan (QA Page)
- Christof Angermüller (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
External Resources:
- Homepage [www.rostlab.org]
Similar packages:
Forudsigelse for fleksible/stive proteinrester fra sekvens
PROFbval kan være nyttig til både proteinstruktur og funktionsforudsigelser. For eksempel kan en biolog lokalisere potentielle antigeniske determinanter ved at identificere de mest fleksible rester på proteinoverflade. Derudover kan en krystallograf finde rester, der potentielt har høje eksperimentelle B-værdier.
PROFbval tager følgende inddata, yderligere beskrevet på profbval(1):
* En proteinsekvens i en FASTA-fil * sekundær struktur og opløsningsmiddel tilgængelighed forudsigelse af prof(1) * en HSSP-fil
Baggrund: Mobiliteten af en given rest på proteinoverfladen er relateret til dens funktionelle rolle. Derfor er identifikation af ekstremt stive eller fleksible restprodukter på proteinoverfladen nyttige til at identificere funktionelt vigtige rester i proteiner. En udbredt måling af atommobilitet i proteiner er B-værdi data fra røntgenkrystallografi strukturer. PROFbval er det første værktøj til at forudsige normaliserede backbone B-værdier fra aminosyresekvens.
Other Packages Related to profbval
|
|
|
|
-
- dep: perl
- Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)
-
- dep: profnet-bval
- Neural netværksarkitektur for profbval
-
- rec: blast2
- Package not available
-
- rec: librg-utils-perl
- Fortolkere og redskaber til formatkonvertering brugt af (f.eks.) profphd
-
- rec: profphd
- Package not available
-
- sug: pp-popularity-contest
- PredictProtein popularity contest
Download profbval
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| all | 58.9 kB | 264.0 kB | [list of files] |