Package: staden (2.0.0+b11-4 and others)

[ Source: staden  ]

DNA-sekvenssamling (Gap4/Gap5), redigerings- og analyseværktøjer

Staden er et fuldt udviklet sæt af DNA-sekvenssamling (Gap4 og Gap5), redigerings- og analyseværktøjer (Spin).

Gap4 udfører sekvenssamling, contig-ordning baseret på læste pardata, contig-sammenslutning baseret på sekvenssammenligninger, kontrol af samling, gentag-søgning, eksperimentforslag, læst par-analyse og contig-redigering. Programmet har grafisk visning af contigs, skabeloner, læsninger og sporinger som alle ruller i register. Contig- redigeringsprogramsøgninger og forslagsrutiner for eksperimenter bruger konfidensværdier til at beregne konfidensen for konsensussekvens og identificerer dermed kun steder der kræver visuel sporingsinspektion eller ekstra data. Resultatet er ekstrem hurtig afslutning og en konsensus om kendt præcision.

Pregap4 tilbyder en grafisk brugerflade til at opsætte behandlingen krævet for at forberede registreringsdata for samling eller analyse og automatiserer disse processer.

Trev er en hurtig og fleksibel fremviser og redigeringsprogram for ABI-, ALF-, SCF- og ZTR-sporingsfiler.

Prefinish analyserer delvise færdige sekvenssamlinger og foreslår det mest effektive sæt af eksperimenter til at hjælpe med at afslutte projektet.

Tracediff og hetscan kan automatisk lokalisere mutationer ved at sammenligne sporingsdata mod referencesporinger. De annoterer mutationerne fundet klar til visning i gap4.

Spin analyserer nukleotidsekvenser for at finde gener, begrænsningssider, motifs etc. Programmet kan udføre oversættelser, finde åbne læserammer, tælle codons etc. Mange resultater præsenteres grafisk og et glidende sekvensvindue er lænket til den grafiske markør. Spin sammenligner også sekvenspar på mange måder. Programmet har en meget hurtig punktmatrixanalyse, globale og lokale sammenligningsalgoritmer, samt et glidende sekvensvindue lænket til de grafiske plot. Programmet kan sammenligne nukleotidsyre mod nukleotidsyre, protein mod protein samt protein mod nukleotidsyre.

Other Packages Related to staden

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  GCC støttebibliotek

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  Kompressionsbibliotek for XZ-formatet

• dep: libpng16-16 (>= 1.6.2-1)

  PNG-bibliotek - kørselstid (version 1.6)

• dep: libstaden-read14 (>= 1.14.12)

  Stadenbibliotek til at læse og skrive DNA-sekvensresultater

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libtcl8.6 (>= 8.6.0)

  Tcl (Tool Command Language) version 8.6 - biblioteksfiler for kørselstid

• dep: libtk8.6 (>= 8.6.0)

  Tk-værktøjssæt for Tcl og X11 version 8.6 - kørselstidsfiler

• dep: libx11-6

  X11 klientside bibliotek

• dep: staden-common (= 2.0.0+b11-4)

  Arkitekturuafhængige filer for Staden

• dep: staden-io-lib-utils

  Programmer til at manipulerer DNS-sekvensfiler

• dep: tklib

  Standardbibliotek for Tk

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: med-config (>= 2.1)

  Debian Med - generel konfigurationspakke

Download staden

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
armel	2.0.0+b11-4+b1	1,366.9 kB	4,018.0 kB	[list of files]