Package: indelible (1.03-5)

[ Source: indelible  ]

Funktionsrig og fleksibel simulator for biologisk evolution

INDELible er et nyt, bærbart og fleksibelt program til biologisk sekvenssimulering, der kombinerer mange funktioner på samme sted for den første gang. Ved hjælp af en længde-afhængig model af indel-formation kan programmet simulere udviklingen i flerpartitioneret nukleotide, aminosyre eller codon-datasæt gennem processerne insertion, deletion og substitution i kontinuert tid.

Nukleotide simuleringer kan anvende den generelle ubegrænset model eller den generelle tidvendbare model og dets afledninger og aminosyresimuleringer kan udføres under anvendelse af femten forskellige empiriske satsmatricer. Heterogenitet for udskiftningssats kan modelleres via de kontinuerte og diskrete gammadistributioner, med eller uden en andel af invariante steder. INDELible kan også simulere under uhomogen og ikkestationære tilstande, hvor evolutionære modeller har tilladelse til at ændre på tværs af en fylogeni.

Unik blandt indel-simuleringsprogrammer, INDELible tilbyder mulighed for at simulere med anvendelse af codon-modeller, der udviser ikkesynonyme/synonyme rateforholdsheterogenitet blandt steder og/eller slægter.

Other Packages Related to indelible

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

Download indelible

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
armel	395.9 kB	1,398.0 kB	[list of files]