Package: fasttree (2.1.11-2)
Links for fasttree
Debian Resources:
Download Source Package fasttree:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Steffen Moeller (QA Page)
- Thorsten Alteholz (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Roland Fehrenbacher (QA Page)
External Resources:
- Homepage [www.microbesonline.org]
Similar packages:
Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser
FastTree udleder cirka-maksimum-likelihood fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser. Den håndterer opstillinger med op til en million sekvenser på rimelig tid og brug af hukommelse. For store justeringer er FastTree 100-1000 gange hurtigere end PhyML 3.0 eller RAxML 7.
FastTree er mere præcis end PhyML 3 med standardindstillinger, og meget mere præcis end afstands-matrix metoder, der traditionelt anvendes til store justeringer. FastTree bruger Jukes-Cantor eller generaliseret tid-reversible (GTR) modeller af nukleotid-evolution og JTT (Jones- Taylor-Thornton 1992) modelaminosyreevolution. For at tage højde for de varierende satser evolution på tværs af steder, bruger FastTree en enkelt sats for hvert sted (»CAT«-tilnærmelsen). Hvis du hurtigt vil estimere pålideligheden af hver splittelse i træet, FastTree beregner lokal støtteværdier med Shimodaira-Hasegawa-test (disse er de samme som PhyML 3s »SH-lignende lokale understøtninger«).
Denne pakke indeholder en enkelt gevindudførelse (fasttree) og en parallel udgave, som bruger OpenMP (fasttreMP).
Other Packages Related to fasttree
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)
Download fasttree
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| armel | 172.2 kB | 509.0 kB | [list of files] |