Package: bbmap (38.90+dfsg-1)

[ Source: bbmap  ]

Kort læsning-sammenligningsprogram og andre bioinformatikværktøjer

BBmap: Kort læsning-sammenligningsprogram for DNA og RNA-seq-data. Kan håndtere arbitrært store genomer med millioner af stilladser. Håndterer Illumina, PacBio, 454 og andre læsninger; meget høj sensitivitet og fejltolerant og utallige store indels.

BBMap er flertrådet som de andre værktøjer samlet i denne pakke for eksempel:

BBNorm: Kmer-baseret fejlrettelse og normaliseringsprogram.

Dedupe: Forenkler samlinger ved at fjerne dubleter eller indeholdte undersekvenser, der deler en målprocentidentitet.

Reformat: Formaterer læsninger om mellem fasta/fastq/scarf/fasta+qual/sam,interleaved/parret og ASCII-33/64 med mere end 500 MB/s.

BBDuk: Filtrerer, trimmer eller maskerer læsninger med kmer-matchninger til en artefact/contaminant-fil.

Other Packages Related to bbmap

• dep: libmpj-java

  Javabibliotek for parallelle programmer for processorer med flere kerner og klynger

• rec: pigz

  Parallel implementering af GZip

Download bbmap

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	5,394.0 kB	6,138.0 kB	[list of files]