Find og vis tandem-gentagelser i DNA-sekvenser
En tandem-gentagelse i DNA er to eller flere tilstødende, omtrentlige kopier af et mønster af nukleotider. Tandem Repeats Finder er et program til at lokalisere og vise tandem-gentagelser i DNA-sekvenser. For at bruge programmet indsender brugeren en sekvens i FASTA-format. Det er ikke nødvendigt at angive mønsteret, mønsterets størrelse eller en hvilken som helst anden parameter. Resultatet består af to filer: en tabel med gentagelser og en sammenligningsfil. Den gentagelsestabel, der kan ses i en internetbrowser, indeholder oplysninger om hver gentagelse, herunder dets placering, størrelse, antal kopier og nukleotid indhold. Klikker du på placeringsindeksene for en af tabelposterne åbner en anden browserside, der viser en sammenligning af kopierne mod et konsensusmønster. Programmet er meget hurtigt og analyserer sekvenser i størrelsesordenen .5 Mb på få sekunder. Indsendte sekvenser kan have vilkårlig længde. Gentagelser med
mønsterstørrelse i området fra 1 til 2.000 baser registreres.
