Package: changeo (1.0.2-1)

[ Source: changeo  ]

Repertoire klonal assignment toolkit - Python 3

Change-O er en samling af værktøjer til at behandle resultatet fra V(D)J-sammenligningsværktøjer, tildele klonale klynger til immunglobulin-sekvenser (Ig) og genkonstruktion til germline-sekvenser.

Dramatiske forbedringer i høj-gennemløb sekvensteknologier aktiverer nu karakterisering af Ig-repertoirer i stor skala, defineret som samlingen af trans-membran antigen-receptor proteiner placeret på overfladen af B-celler og T-celler. Change-O er en pakke af redskaber til at facilitere avanceret analyse af Ig- og TCR-sekvenser, der følger germline-segmentsammenligning. Change-O håndterer resultatet fra IMGT/HighV-QUEST og IgBLAST og tilbyder en bred vifte af klyngemetoder for tildeling af klonale grupper til Ig-sekvenser. Postsortering, gruppering og diverse databasemanipuleringsoperationer er også indeholdt.

Denne pakke installerer biblioteket for Python 3.

Other Packages Related to changeo

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-airr

  Data Representation Standard-bibliotek for antibody- og TCR-sekvenser

• dep: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• dep: python3-numpy

  Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget

• dep: python3-pandas

  Datastrukturer for »relationelle« data eller »etiketdata«

• dep: python3-pkg-resources

  Pakkesøgning og ressourceadgang med brug af pkg_resources

• dep: python3-presto

  Værktøjssæt til at behandle B- og T-cellesekvenser - Python 3-modul

• dep: python3-scipy

  Videnskabelige værktøjer for Python 3

• dep: python3-yaml

  YAML-fortolker og udleder for Python 3

• rec: python3-biopython (>= 1.65)

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• rec: python3-pandas (>= 0.15)

  Datastrukturer for »relationelle« data eller »etiketdata«

• rec: python3-presto (>= 0.6.2)

  Værktøjssæt til at behandle B- og T-cellesekvenser - Python 3-modul

Download changeo

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	103.8 kB	691.0 kB	[list of files]