Package: seqsero (1.0.1+dfsg-6)

[ Source: seqsero  ]

Salmonella serotyping fra genomsekvensdata

SeqSero er en datakanal for Salmonella serotype-bestemmelse fra rå sekvenslæsninger eller genomsamlinger.

SeqSero er et begynderværktøj til at bestemme Salmonella-serotyper via genomsekvensdata med høj gennemløb. SeqSero er baseret på kuraterede databaser af salmonella serotype-determinanter (rfb-genklynge, fliC- og fljB-alleler) og forudsiges at bestemme serotype hurtigt og præcist for næsten hele spektret af Salmonella-serotyper (mere end 2.300 serotyper), fra både rå sekventeringslæsninger og genomgenerationer. Svartiderne for SeqSero blev evalueret ved test

  1. rå læsninger fra genomer af 308 Salmonella-isolater af kendt serotype
  2. rå læsninger fra genomer af 3.306 Salmonella-isolater sekventeret og
     offentliggjort af GenomeTrakr, et amerikansk nationalt overvågnings-
     netværk drevet af Food and Drug Administration og
  3. 354 andre offentligt tilgængelige udkast eller komplette
     Salmonellagenomer.

SeqSero kan bidrage til at opretholde det veletablerede brug af Salmonellaserotyping, når den integreres i en platform af WGS-baseret patogensubtyping og karakterisering.

Other Packages Related to seqsero

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: sra-toolkit

  Redskaber for NCBI Sequence Read Archive

• sug: ispcr

  Package not available

Download seqsero

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	349.7 kB	3,491.0 kB	[list of files]
arm64	349.7 kB	3,491.0 kB	[list of files]