Package: resfinder (4.3.0-1)

[ Source: resfinder  ]

Identificer erhvervede antimikrobielle resistensgener

ResFinder identificerer erhvervede antimikrobielle resistensgener i alt eller delvise sekventerede isolater af bakterier.

ResFinder der bruger BLAST til identifikation af erhvervede antimikrobielle resistensgener i whole-genome-data. Som data kan metoden bruge både genomer samlet på forhånd, fuldstændige genomer eller delvise genomer, og korte sekvenslæsninger fra fire forskellige sekventeringsplatforme. Metoden blev evalueret på 1.862 GenBank-filer indeholdende 1.411 forskellige resistensgener, samt på 23 de-novo-sekventerede isolater.

Other Packages Related to resfinder

• dep: kma

  Sammenlign genomsekvenser med rå læsninger direkte mod redundante databaser

• dep: ncbi-blast+-legacy

  NCBI Blast-forældet kaldskript

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-cgecore

  Python 3-modul for Center for Genomic Epidemiology

• dep: python3-cgelib

  Python 3-kode til udnyttelse på tværs af CGE-værktøjer

• dep: python3-dateutil

  Funktionsrige udvidelser til Python 3's standardmodul datetime

• dep: python3-git

  Pythonbibliotek til at interagere med Git-arkiver

• dep: python3-tabulate

  Forskønnede tabulære data i Python 3

• dep: resfinder-db

  ResFinder-databasen er en kurateret database for erhvervede resistensgener

Download resfinder

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	65.2 kB	400.0 kB	[list of files]