Package: r-bioc-dnacopy (1.72.3-1)

[ Source: r-bioc-dnacopy  ]

R-pakke: dataanalyse af DNA-kopinummer

Denne pakke implementerer den cirkulære binære segmenteringsalgoritme (CBS) til at segmentere DNA-kopinummerdata og identificere genomiske regioner med unormal kopinummer.

Denne pakke er lavet til at analysere tabel-DNA-kopinummerdata, der normalt (men ikke altid) kaldes array Comparative Genomic Hybridization-data (array CGH). Pakken implementerer en metode til at finde change-points i disse data, der er punkter hvorefter testen (log) over referenceforhold har ændret placering. Denne model er at change-points korresponderer til positioner hvor det underliggende DNA-kopinummer har ændret sig. Derfor kan change-points bruges til at identificere regioner med opnåede og mistede kopinummer. Der tilbydes også en funktion til at lave relevante plot for disse data.

Other Packages Related to r-bioc-dnacopy

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgfortran5 (>= 10)

  Kørselstidsbibliotek for GNU Fortran-programmer

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-2)

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

Download r-bioc-dnacopy

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
ppc64el	370.8 kB	533.0 kB	[list of files]