Package: pirs-examples (2.0.2+dfsg-11)

[ Source: pirs  ]

Profilbaseret Illumina-læsesimulator for pair-end - dataeksempler

Programmet pIRS kan bruges til at simulere Illumina PE-læsninger, med en serie af tegn oprettet af Illumina-sekventeringsplatformen, såsom indsæt størrelsesdistribution, sekventeringsfejl (erstatning, indsættelse, sletning), kvalitetsbedømmelse og GC content-coverage-bias.

Indsæt-størrelsen følger en normal distribution, så brugere bør sætte middelværdien og standardafledningen. Normalt er standardafledningen sat som 1/20 af middelværdien. Normaldistributionen af Box-Muller-metoden er simuleret.

Programmet simulerer sekventeringsfejl, kvalitetsbedømmelse og GC content-coverage-bias jævnfør den empiriske distributionsprofil. Nogle standardprofiler talt fra en masse reelle sekventeringsdata tilbydes.

For at simulere læsninger fra diploid-genom bør brugere simulere diploid-genomsekvensen først ved at angive forholdet for heterozygosis SNP, heterozgyosis InDel og strukturvariation.

Denne pakke indeholder nogle dataeksempler.

Download pirs-examples

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	1,903.4 kB	1,913.0 kB	[list of files]