Package: mindthegap-examples (2.3.0-2)

[ Source: mindthegap  ]

Valgfrie skripter og eksemple på ressourcer for mindthegap

Designet til at kalde indsættelser af enhver størrelse, om de er nye eller dubletter, homozygot eller heterozygot i donorgenomet. Der bruges et sæt af læsninger og et referencegenom. Resultatet er to sæt af FASTA-sekvenser: en er sættet med slutpunkter for registrering af indsættelsessteder, den anden er sættet med samlede indsættelser for hvert slutpunkt. MindTheGap kan også bruges som et værktøj til samling af genomer. Det kan udfylde hullet mellem et sæt af contig'er uden prioritet på deres relative rækkefølge og retning. Resultatet kommer i en gfa-fil. Bemærk at denne pakke er lavet som en følgesvend til pakken mindthegap og kun fungerer som eksempel på hvordan den pakke kan udnyttes.

Other Packages Related to mindthegap-examples

• dep: bsdextrautils

  Ekstra redskaber fra 4.4BSD-Lite

  or bsdmainutils (<< 12.1.1~)

  Overgangspakke for flere redskaber fra FreeBSD

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: mindthegap

  performs detection and assembly of DNA insertion variants in NGS read datasets

Download mindthegap-examples

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	632.9 kB	730.0 kB	[list of files]