Package: ecopcr (1.0.1+dfsg-4)

[ Source: ecopcr  ]

Estimer PCR-stregkodeprimers kvalitet

DNA-stregkodning er et værktøj til karakterisering af arters oprindelse under anvendelse af en kort sekvens fra en standardposition og indforstået position i arvemassen. Ved at blive brugt som en DNA-stregkode, bør et genom-locus blandt individer af samme art kun variere i mindre grad, og det bør meget hurtigt variere mellem arterne. Fra et praktisk synspunkt skal en stregkode-locus følges af to konserverede områder til at designe PCR-primere. Adskillige manuelt opdagede stregkode-loci ligesom COI, rbcL, 18S, 16S og 23S rDNA eller trnH-ps anvendes rutinemæssigt i dag, men ingen målfunktion er blevet beskrevet til at måle deres kvalitet med hensyn til universalitet (stregkodedækning, Bc) eller i form af taksonomisk kapacitet forskelsbehandling (stregkodespecificitet, Bs).

ecoPCR er et elektronisk PCR-program udviklet af LECA- og Helix-projektet. Det hjælper til med at estimere stregkodeprimeres kvalitet. Sammenholdt med OBITools kan du efterbehandle ecoPCR-resultater til at beregne stregkodedækning og stregkodespecificitet. Nye stregkodeprimere kan udvikles ved hjælp af ecoPrimers-programmer.

Other Packages Related to ecopcr

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-reportlab

  ReportLab-bibliotek til at oprette PDF-dokumenter der bruger Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download ecopcr

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
ppc64el	59.3 kB	612.0 kB	[list of files]