Package: paleomix (1.3.7-3)

[ Source: paleomix  ]

Datakanaler og værktøjer til at behandle ældre og moderne HTS-data

PALEOMIX-datakanaler er et sæt af datakanaler og værktøjer designet til at hjælpe med hurtig behandling af HTS-data (High-Throughput Sequencing): BAM-datakanalen behandler de-multipleksede læsninger fra en eller flere prøver, gennem sekvensbehandling og sammenligning for at oprette BAM-sammenligningsfiler, der er nyttige i downstream-analyser; den fylogenetiske datakanal udfører genbestemmelse og filogenetisk inferens på BAM-sammenligningsfiler, enten fremstillet ved hjælp af BAM-datakanalen eller oprettet andetsteds; og Zonkey-datakanalen udfører en række analyser på lavt dækkede equine-sammenligninger for at registrere tilstedeværelsen af F1-hybrider i arkæologiske samlinger. Derudover hjælper PALEOMIX med metagenomisk analyse af ekstrakterne.

Datakanalerne er designet med gammelt DNA (aDNA) i tankerne, og inkluderer adskillige funktioner, der er specielt nyttige til analyser af gamle prøver, men kan alle også være til behandling af moderne prøver, for at sikre ensartet databehandling.

Other Packages Related to paleomix

• dep: adapterremoval

  Hurtig adaptertrimming, identifikation og læsesammenføjning af gensekvenser

• dep: bcftools

  Genomisk variantkald og manipulering af VCF/BCF-filer

• dep: bedtools

  Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner

• dep: bowtie2

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)

• dep: examl

  Exascale Maximum Likelihood-kode (ExaML) for fylogenetisk følgeslutning

• dep: mafft

  Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser

• dep: mapdamage

  Registrering og kvantificering af skademønstre i ældre DNA-sekvenser

• dep: phylip

  Programpakke for udledning af fylogenier

• dep: picard-tools

  Kommandolinjeværktøjer til at manipulere SAM- og BAM-filer

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-coloredlogs

  Farvelagt terminal for Python 3's logningsmodul

• dep: python3-configargparse

  Erstatning for argparse med konfigurationsfiler og miljøvariabler - Python 3

• dep: python3-pysam

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3

• dep: python3-ruamel.yaml

  Roundtrip YAML-fortolker/udsender - Python 3-modul

• dep: python3-setproctitle

  Setproctitle-implementering for Python 3

• dep: r-base-core

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: radiant

  Udforsk hierarkiske metagenomdata med lagkagediagrammer

• dep: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood for pylogenetiske træer

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

Download paleomix

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	960.8 kB	2,006.0 kB	[list of files]
arm64	960.8 kB	2,006.0 kB	[list of files]