Fylogenetiske analyser på træer og sekvenser i UNIX-stil
Phyz tilbyder et nemt og inkluderende værktøjssæt bestående af programmer, der går fra den store mængde programmer udnyttet af forskere, der udfører fylogenetiske analyser. Modelopbygget efter Unix/GNU/Linux-kommandolinjeværktøjer, individuelle programmer udfører en enkel opgave og fungerer på I/O-standardstrømme. Et resultat af denne strømbaseret fremgangsmåde er, at for de fleste programmer er kun en enkel sekvens eller træ i hukommelsen ad gangen. Store datasæt kan derfor behandles med minimale hukommelseskrav. Phyx' stadig voksende programudvalg består af over 35 programmer fokuseret på udforskning, manipulation, analyse og simulering af fylogenetiske objekter (sammenligninger, træer og MCMC-logge). Som med Unix-
kommandolinjeværktøøjer kan disse programmer omdirigeres via datakanaler (sammen med ikke-phyx-værktøjer), hvilket muliggør nem konstruktion af effektive analytiske datakanaler.