Package: fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-1)

[ Source: fasta3  ]

Værktøjer til at søge i samlinger med biologiske sekvenser

FASTA-programmerne finder regioner med lokal eller global lighed mellem protein- og DNA-sekvenser, enten ved at søge i protein- og DNA-databaser, eller ved at identificere lokale dubletter i en sekvens. Andre programmer tilbyder information om den statistiske signifikans for en sammenligning. Som BLAST kan FASTE bruges til at udlede funktionelle og evolutionære relationer mellem sekvenser samt som hjælp til at identificere medlemmer af gen-familier.

 * Protein
   - Protein-protein FASTA
   - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch)
   - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch)
   - Global/Lokal protein-protein (glsearch)
   - Protein-protein med ikkeordnede peptider (fasts)
   - Protein-protein med blandede peptid-sekvenser (fastf)

 * Nukleotid
   - Nukleotid-Nukleotid (DNA/RNA fasta)
   - Ordnet Nukleotid vs Nukleotid (fastm)
   - Ikkeordnede Nukleotider vs Nukleotid (fasts)

 * Oversatte
   - Oversat DNA (med billedskift, f.e. EST'er)
     vs Proteiner (fastx/fasty)
   - Protein vs Oversat DNA (med billedskift)
     (tfastx/tfasty)
   - Peptider vs Oversat DNA (tfasts)

 * Statistisk signifikans
   - Protein vs Protein-blanding (prss)
   - DNA vs DNA-blanding (prss)
   - Oversat DNA vs Protein-blanding (prfx)

 * Lokale dubletter
   - Lokale Protein-sammenligninger (lalign)
   - Plot Protein-sammenligning »dot-plot« (plalign)
   - Lokale DNA-sammenligninger (lalign)
   - Plot DNA-sammenligning »dot-plot« (plalign)

Dette program bruges ofte via en internettjeneste på EBI med indekserede referencedatabaser på http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.

Other Packages Related to fasta3

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: r-base-core

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• sug: bedtools

  Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner

• sug: libdbd-mysql-perl

  Perl5-databasegrænseflade til MariaDB/MySQL-databasen

• sug: libdbi-perl

  databasegrænseflade til Perl (DBI)

• sug: libhtml-tableextract-perl

  modul for udtrækning af indholdet i HTML-tabeller

• sug: libjson-perl

  modul for manipulering af JSON-formaterede data

• sug: liburi-encode-perl

  Perl module to encode and decode strings to URIs

• sug: libwww-perl

  Simpel og konsistent grænseflade til World Wide Web

• sug: libxml-twig-perl

  Perlmodul for behandling af store XML-dokumenter i trætilstand

• sug: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• sug: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• sug: python3-mysqldb

  Pythongrænseflade for MySQL

Download fasta3

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
mipsel	801.6 kB	6,609.0 kB	[list of files]